Isojoen pääuoman ja sivujokien alaosien vaeltavat taimenet eroavat DNA-tutkimuksen perusteella vesistön ylempien osien paikallisina elävistä taimenkannoista. Geneettisen analyysin perusteella erillisenä säilytettäviä niin sanottuja hoitoyksiköitä ovat Isojoen päähaaran ja Karijoen vaeltava taimen sekä Karijoen ja Heikkilänjoen yläosien ja Isojoen latvojen populaatiot.
Tutkimuksen pohjalta Isojoen vesistöalueelle laadittiin hoitosuositus, jossa otetaan huomioon taimenkantojen perinnöllinen erilaistuminen. Suosituksen avulla pyritään ohjaamaan meritaimenen istutukset ja muut taimenen hoitotoimet vesistössä niin, että taimenkannat voidaan säilyttää elinvoimaisina, riittävän monimuotoisina ja erillisinä omassa ympäristössään. Taimenille tulee turvata jokaiseen hoitoyksikköön tarpeellinen määrä kutualueita ja riittävä määrä lisääntyviä kutupareja.
Suomen lajien uhanalaisuusluokituksessa vuonna 2010 rannikoittemme meritaimenkannat on arvioitu äärimmäisen uhanalaisiksi ja muut eteläisen Suomen taimenkannat erittäin uhanalaisiksi. Selkämeren rannikolla sijaitseva Isojoen vesistö on eräs harvoista jäljellä olevista meritaimenvesistöistämme. Pääasiassa joen keski- ja alaosalla lisääntyvän meritaimenen lisäksi taimenia elää paikallisina vesistön sivujoissa ja lukuisissa latvapuroissa. Vesistön luonnonvaraiset taimenkannat ja myös viljelykäytössä oleva Isojoen meritaimenkanta ovat alueellisesti ja koko Suomen mittakaavassa poikkeuksellisen arvokkaita.